諧波對電力系統的危害是比較嚴重的，主要體現在：

(1)部分供電線路的損耗由諧波引起。由于集膚效應和鄰近效應，使線路電阻隨頻率增加而提高，造成電能的損失和浪費;諧波電流可能造成線路過載過熱，損害導體絕緣，同時高頻諧波可能造成集膚效應降低電纜的載流能力。

(2)諧波影響各種電氣設備的正常工作。諧波電流的存在導致電力變壓器產生附加的損耗，從而引起過載、過熱，加速了絕緣介質的老化，導致絕緣損壞。正序和負序諧波電流在旋轉電動機定子中分別形成正向和反向旋轉磁場，導致電動機效率降低，發熱增加。

而正序和負序諧波電流在同步電動機的轉子中分別形成正向和反向旋轉磁場，造成局部發熱，縮短其使用壽命。

(3)諧波電流不但會使電子電氣設備出現較大的誤差，甚至引起電子電氣設備的失靈。諧波電流及諧波電壓影響通訊及通信設備一般通過磁感應、電容耦合、電感應及電氣傳導等方式, 磁感應、電氣傳導、電感應及電容耦合等方式對低頻信號影響更大。

例如變流器等電氣設備在換相時注入的高壓脈沖含有較高的諧波頻率，甚至可以達到1MHz，這些諧波頻率將會影響通信設備、通信線路的正常工作，從而導致通信系統處于癱瘓的狀態。

(4)使電力電容器產生發熱、噪聲、鼓肚、擊穿以及絕緣壽命縮短等危害。對諧波頻率比較敏感的電力電容器,因其自身的容性阻抗特性，以及頻率與容抗成反比的特性,使得諧波電流容易被電力電容器吸收從而引起電容器發熱過載。

此外，基波電壓與諧波電壓疊加時使電壓波形增多了起伏，傾向于增多每個周期中局部放電的次數，相應地增加了每個周期中局部放電次數的功率，使電力電容器產生發熱、噪聲、鼓肚、擊穿以及絕緣壽命縮短等危害。